Ноябрь 1918, озеро Толука, Центральный Сайлент Хилл. Туристический корабль "Маленькая Баронесса" загодочным образом исчезает с 14 членами команды и пассажирами на борту. 75 лет спустя корабль возвращается в Сайлент Хилл. В это время групппа молодых людей едут в Сайлент Хилл. Эрик, юноша, тесно связанный с "Маленькой Баронессой". Тина, одноклассница Эрика, которая едет, чтобы навестить свою юную подругу Эмили, живущую вместе с отцом Фрэнком в городке. Тем временем кошмар 75-летней давности поднимается со дна озера.